文献保护研究所是金陵科技学院与南京图书馆就古籍修复专业合作办学的协调部门，隶属于江苏省古籍保护中心，是从事古籍整理与文献保护的学术机构，也具有古籍整理研究、古籍原生性保护及再生性保护等职能。

研究所一方面秉承我校所倡导的应用型人才培养和学科特征，面向课程、学生、服务、技术等方面开展研究，不断推进专业教学改革和创新，提高教育与教学质量。另一方面利用自身优势，承接古籍整理、古籍修复以及古籍数字化方面的横纵向科研课题与社会服务项目，进而形成实体服务类的文化产业基地。同时着眼学校与行业共建的办学视角，完善与南京图书馆的合作办学机制，加强彼此的沟通、协调，构架“政产学研”的实践平台，推进我校倡导的“南京战略”。